O Júri da Competição de Longas-Metragens, composto por Andrea Inzerillo, Rodrigo Gerace e Susanne Sachsse decidiu os vencedores dos seguintes prémios:

O Prémio para a Melhor Longa-Metragem desta edição do Queer Lisboa foi atribuído à longa-metragem : Antes O Tempo Não Acabava (Brasil, 2015) de Sérgio Andrade e Fábio Baldo, um prémio no valor de 1.000,00 €, atribuído pela Lufthansa. O Júri decidiu dar o prémio de Melhor Atriz a Julia Lübbert, em Rara (Chile, 2016), de Pepa San Martín. Já o prémio de Melhor Ator foi atribuído a Anderson Tikuna, de Antes O Tempo Não Acabava (Brasil, 2015).

Para o Prémio do Público da Competição de Longas-Metragens, o público do Queer Lisboa 20 premiou  Rara (Chile, 2016), de Pepa San Martín.

O Júri da Competição de Documentários, composto por Cíntia Gil, Rui Filipe Oliveira e Sophie Monks Kaufman, decidiu atribuir o Prémio de Melhor Documentário ao filme Irrawaddy Mon Amour (Itália, 2015), de Valeria Testagrossa, Nicola Grignani, Andrea Zambelli, um prémio no valor de 3.000,00 € atribuído pela RTP2, pela compra dos direitos de exibição do filme neste canal. O mesmo Júri decidiu ainda atribuir uma Menção Especial a Coming Out (EUA, 2015), de Alden Peters. 

Para o Prémio do Público da Competição de Documentários, o filme premiado foi Waiting for B. (Brasil, 2015), de Paulo César Toledo e Abigail Spindel.

O Júri da Competição de Curtas-Metragens, composto por Aya Koretzy, Benoît Arnulf e José Chaíça, decidiu atribuir o Prémio de Melhor Curta-Metragem ao filme 1992 (França, 2015), de Anthony Doncque, um prémio da RTP2 no valor de 1.500,00 €  atribuído pela RTP2, pela compra dos direitos de exibição do filme neste canal. O mesmo Júri atribuiu uma Menção Especial a Como En Arcadia (Espanha, 2015), de Jordi Estrada. 

Já o público do Queer Lisboa premiou a curta Pink Boy (EUA, 2015), de Erick Rockey.

O Júri da Competição In My Shorts, composto por André Marques, João Arrais e Margarida Moz, decidiu atribuir o Prémio de Melhor Filme de Escola à curta-metragem Children, Madonna and Child, Death and Transfiguration (Portugal, 2016), de Ricardo Vieira Lisboa. Foram ainda atribuídas duas menções especiais: a La Tana (Itália, 2015), de Lorenzo Caproni, e Climax (Suíça, 2015), de Fulvio Balmer Rebullida.

Por sua vez, o Júri da Competição Queer Art, composto por James Mackay, Rogério Taveira e Roy Dib, decidiu atribuir o Prémio de Melhor Filme Queer Art a A Paixão de JL (Brasil, 2015), de Carlos Nader, um prémio no valor de 1.000,00€ entregues pela Faculdade de Belas Artes da Universidade de Lisboa. O mesmo júri atribuiu ainda uma Menção Especial a Trilogie de nos vies défaites (França, Holanda, Bélgica, 2016), de Vincent Dieutre. 

O Queer Lisboa 20 encerra assim com nota positiva esta edição, tendo exibido 114 filmes de 28 países diferentes, com encontro marcado para o Queer Lisboa 21, de 15 a 23 de setembro de 2017.